विभाजननीति आयोग की संरचना में विभिन्न विशिष्ट प्रभाग सम्मिलित हैं, जो राष्ट्रहित में विकास एवं सुशासन के प्रमुख पहलुओं पर समर्पित रूप से कार्यरत हैं। प्रशासन कृषि एवं सहायक क्षेत्र डेटा प्रबंधन और विश्लेषण अर्थशास्त्र और वित्त सेल शिक्षा ऊर्जा शासन शासी परिषद सचिवालय एवं समन्वय स्वास्थ्य एवं परिवार कल्याण उद्योग एवं विदेशी निवेश बुनियादी ढांचा संपर्क एवं ई-मोबिलिटी एकीकृत वित्त विभाग कानून शहरीकरण का प्रबंधन प्राकृतिक संसाधन एवं पर्यावरण लोक वित्त एवं नीति विश्लेषण सार्वजनिक-निजी भागीदारी ग्रामीण विकास विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी सुरक्षा सेवाएं एवं आर्थिक खुफिया इकाई कौशल विकास, श्रम एवं रोजगार सामाजिक न्याय एवं सशक्तीकरण राज्य वित्त एवं समन्वय सतत विकास लक्ष्य पर्यटन एवं संस्कृति स्वैच्छिक कार्य सेल जल एवं भूमि संसाधन महिला एवं बाल विकास
